1. Menyelenggarakan sistem perkarantinaan terintegrasi untuk melindungi sumber daya alam hayati serta menjamin keamanan dan mutu pangan, keamanan dan mutu pakan.

2. Meningkatkan peran karantina terhadap akses pasar dan keberterimaan komoditas hewan, ikan, dan tumbuhan.

3. Membangun keterlibatan masyarakat dalam penyelenggaraan perkarantinaan.

4. Mengelola Badan Karantina Indonesia yang bersih, efektif, dan terpercaya.