Terminologi “karantina” berasal dari bahasa Latin “QUARANTA” yang berarti empatpuluh. Istilah tersebut lahir sekitar abad XIV, ketika penguasa di Venezia menetapkan batas waktu yang diberlakukan untuk menolak masuk dan merapatnya kapal yang datang dari negara lain, untuk menghindari terjangkitnya penyakit menular. Awak kapal dan penumpangnya diharuskan untuk tinggal dan terisolasi di dalam kapal selama 40 hari, untuk mendeteksi kemungkinan terbawanya penyakit.
Sejarah Karantina Pertanian di Indonesia telah diawali sejak jaman penjajahan Hindia Belanda, hal ini diawali dengan adanya penyebaran penyakit karat daun kopi yang disebabkan oleh Hemileila vastatrix di Srilangka. Pemerintah Belanda menyadari bahwa pada saat itu perkebunan kopi di Indonesia merupakan sumber utama pendapatan. Menyadari akan ancaman penyakit tersebut, maka pemerintah berusaha keras mencegah penyebaran penyakit tersebut ke dalam wilayah Indonesia.
Sebagaimana diketahui Areal perkebunan kopi berkembang luas, khususnya di Jawa, sejak Gubernur Jenderal Van den Bosch memperkenalkan Sistem Tanam Paksa (Cultuurstelsel) pada tahun 1832. Bertitik tolak dari kecemasan Hindia Belanda terhadap penyakit kopi, lahirlah Ordonansi 19 Desember 1877 (Staatsblad No.262) yang melarang pemasukan tanaman kopi dan biji kopi dari Srilanka. Ordonansi tersebut merupakan pertama kali yang dikeluarkan pemerintah Hindia Belanda dalam bidang perkarantinaan tumbuhan di Indonesia.
Beberapa waktu setelah terbitnya Ordonansi pertama, terbit Ordonansi baru yaitu Ordonansi 28 Januari 1914 (Staatsblad No.161) yang mengatur tentang pengawasan terhadap pemasukan buah-buahan segar dari Australia yang dilakukan oleh seorang ahli.
Penyelenggaraan kegiatan perkarantinaan secara institusional di Indonesia secara nyata baru dimulai oleh suatu organisasi pemerintah bernama Instituut voor Plantenzekten en Cultures (Balai Penyelidikan Penyakit Tanaman dan Budidaya) Pada saat yang bersamaan dapat diketahui bahwa di daerah bagian barat Ausatralia sedang terjangkit hama lalat buah (Mediteranean Fruitfly) atau dikenal dengan nama latin Ceratitis capitata. Dari ordonansi inilah dibentuk organisasi penyelenggaraan kegiatan perkarantinaan secara konstitusi bernama Instituut voor Platenziekten en Cultures (Balai Penyelidikan Penyakit Tanaman dan Budidaya).
Tahun 1930Dinas Karantina Tumbuh-tumbuhan (Plantenquarantine dienst) menjadi salah satu seksi di Balai Penyelidikan Penyakit Tanaman (Instituut voor Plantenziekten) yang kemudian menjadi Balai Penyelidikan Hama Tumbuh-tumbuhan.
Tahun 1939Pelaksanaan kegiatan operasional karantina di pelabuhan-pelabuhan diawasi secara sentral oleh Direktur Balai Penyelidikan Penyakit Tanaman dan Budi daya, serta ditetapkan seorang pegawai Balai yang kemudian diberi pangkat sebagai Plantenziektenkundigeambtenaar (pegawai ahli penyakit tanaman).
Tahun 1957Peningkatan status Dinas Karantina Tumbuh-tumbuhan dari tingkat Seksi menjadi Bagian Karantina Tumbuh-tumbuhan.
Tahun 1961Reorganisasi lingkup Departemen Pertanian yang mengubah Balai Penyelidikan Hama Tumbuh-tumbuhan (BPHT) menjadi Lembaga Penelitian Hama dan Penyakit Tanaman (LPHT) yang merupakan salah satu dari 28 lembaga penelitian di bawah Jawatan Penelitian Pertanian.
Tahun 1966Karantina menjadi salah satu bagian di dalam Biro Hubungan Luar Negeri Sekretariat Jenderal Departemen Pertanian. 1969 Status organisasi karantina tumbuhan meningkat dari eselon III menjadi eselon II.
Tahun 1973Pemberian kewenangan dari Jawatan Pertanian Rakyat kepada Direktorat Karantina Tumbuh-tumbuhan.
Tahun 1974Organisasi karantina diintegrasikan dalam suatu wadah Pusat Karantina Pertanian di bawah pengawasan Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian. Organisasi Direktorat Karantina Tumbuhan diubah menjadi Pusat Karantina Pertanian dengan dibentuk cabang Karantina Tumbuhan di seluruh Indonesia dengan status nonstruktural.
Tahun 1980Organisasi Pusat Karantina Pertanian mempunyai rentang kendali manajemen yang luas. Pusat Karantina Pertanian pada masa itu terdiri dari 5 Balai (eselon III), 14 Stasiun (eselon IV), 38 Pos (eselon V), dan 105 Wilayah Kerja (nonstruktural) yang tersebar di seluruh Indonesia.
Tahun 1983Pusat Karantina Pertanian yang terdiri atas karantina tumbuhan dan hewan diintegrasikan. Selain itu, status sebelumnya di bawah pengawasan Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian dialihkan kembali ke Sekretaris Jenderal dengan pembinaan operasional secara langsung di bawah Menteri Pertanian. Sementara Karantina Ikan yang masih embrio terus berproses menjadi Bidang Karantina Ikan pada Kantor Pusat Karantina Pertanian.
Tahun 1985Direktorat Jenderal Peternakan menyerahkan pembinaan unit karantina hewan, sedangkan Badan Litbang Pertanian menyerahkan pembinaan unit karantina tumbuhan, masing-masing kepada Sekretariat Jenderal Departemen Pertanian.
Tahun 1992Presiden Republik Indonesia menandatangani Undang-Undang No. 16 Tahun 1992 Tentang Karantina Hewan, Ikan, dan Tumbuhan. Perkembangan di bidang legislasi terus berlanjut dengan terbitnya Peraturan Pemerintah (PP) No. 82 Tahun 2000 Tentang Karantina Hewan dan kemudian lahir PP No. 14 Tahun 2002 tentang Karantina Tumbuhan.
Tahun 1994Integrasi unsur karantina hewan, ikan, dan tumbuhan di bawah pusat karantina pertanian. Di mana masing-masing unsur karantina merupakan UPT yang tidak saling membawahi.
Tahun 1995Reorganisasi lingkup Departemen Pertanian, Pusat Karantina Pertanian kembali dipindah ke Eselon I lain yaitu Badan Agribisnis.
Tahun 2000Lahirnya Badan Karantina Nasional pada 23 November 2000
Tahun 200127 September 2001 Karantina Ikan diserahterimakan ke Departemen Kelautan dan Perikanan. Masa tersebut diakhiri dengan terbitnya Keputusan Presiden No.58 tahun 2001 menyatakan lahirnya Badan Karantina Pertanian unit Eselon I di Departemen Pertanian.
Tahun 2005Penyempurnaan organisasi Badan Karantina Pertanian dilakukan berdasar Peraturan Menteri Pertanian No. 299 tahun 2005 dengan penambahan Pusat Informasi dan Keamanan Hayati sebagai salah satu unit eselon II
Tahun 2008Badan Karantina Pertanian melalui reorganisasi melakukan tusi karantina hewan dan tumbuhan menjadi Karantina Pertanian
Tahun 2010Badan Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan dinaikan statusnya dari eselon 2 menjadi eselon 1, sesuai dengan Peraturan Presiden Nomor 24 Tahun 2010 Tentang Kedudukan, Tugas, dan Fungsi Kementerian Negara Serta Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Eselon I Kementerian Negara.
Terbitnya Undang-Undang yang baru No.21 Tahun 2019Terbitnya regulasi Undang-Undang yang baru No. 21 Tahun 2019 tentang Karantina Hewan, Ikan, dan Tumbuhan Mengamanahkan tugas dan kewenangan Karantina yang lebih luas. Tidak hanya mencegah masuk, keluar, dan tersebarnya Hama Penyakit Hewan Karantina, Hama Penyakit Ikan Karantina, dan Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina, tetapi juga melaksanakan pengawasan dan atau pengendalian terhadap keamanan pangan dan mutu pangan, keamanan pakan dan mutu pakan, produk Rekayasa Genetik, Sumber Daya Genetik, Agensia Hayati, Jenis Asing Invasif, Tumbuhan dan Satwa Liar, sertaTumbuhan dan Satwa Langka yang dimasukkan ke dalam, tersebarnya dari suatu area ke area lain, dan/atau dikeluarkan dari wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia.
Pelaksanaan tugas pokok dan fungsi Karantina diperkuat dengan terbitnya PP No. 29 Tahun 2023 tentang Pelaksanaan UU No. 21 Tahun 2019. Di mana pejabat Karantina melaksanakan tugasnya meliputi pemeriksaan, pengasingan, pengamatan, perlakuan, penahanan, penolakan, pemusnahan, dan pembebasan. Rangkaian tindakan karantina tersebut bertujuan untuk melindungi sumber daya alam hayati Indonesia dari ancaman hama penyakit, yang dapat merugikan baik secara sosial maupun ekonomi.
Pada tahun 2023 terbit Peraturan Presiden No. 45 Tahun 2023. Perpres ini bertujuan untuk mengatur fungsi dan peran Badan Karantina Indonesia dalam menjaga keamanan pangan, perlindungan sumber daya alam, serta memastikan keberlanjutan sektor pertanian dan perikanan di negara ini.
Salah satu aspek kunci dari peraturan tersebut adalah meningkatkan pelayanan karantina di Indonesia. Badan Karantina Indonesia akan bekerja lebih efisien dan efektif dalam mengendalikan impor dan ekspor produk pertanian dan perikanan. Hal ini bertujuan untuk melindungi keanekaragaman hayati Indonesia dan menghindari masuknya hama serta penyakit yang dapat merusak tumbuhan dan hewan di negara ini.
Peraturan ini juga mengakui pentingnya kerja sama internasional dalam hal karantina. Badan Karantina Indonesia akan bekerja sama dengan lembaga-lembaga internasional untuk memastikan produk pertanian dan perikanan Indonesia memenuhi standar global. Ini akan membantu meningkatkan perdagangan internasional dan menguatkan posisi Indonesia di pasar global.
Selain itu, peraturan ini menekankan perlindungan kesehatan dan keamanan masyarakat. Badan Karantina Indonesia akan memastikan bahwa produk pertanian dan perikanan yang beredar di pasar dalam negeri aman dan layak untuk dikonsumsi. Ini akan membantu melindungi kesehatan masyarakat dan mencegah penyebaran penyakit yang dapat berasal dari produk pertanian dan perikanan.
Peraturan ini juga berfokus pada pengelolaan sumber daya alam. Badan Karantina Indonesia akan memainkan peran dalam menjaga keberlanjutan sektor pertanian dan perikanan. Ini mencakup perlindungan keanekaragaman hayati, pengendalian ekspor bahan baku dan mendukung upaya pemerintah dalam pengembangan sektor pertanian dan perikanan.