Deputi Bidang Karantina Hewan berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Karantina Indonesia.
Deputi Bidang Karantina Hewan dipimpin oleh Deputi
Deputi Bidang Karantina Hewan mempunyai tugas:
menyelenggarakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan teknis di bidang karantina hewan.
Dalam melaksanakan tugas, Deputi Bidang Karantina Hewan menyelenggarakan fungsi:
a. Perumusan kebijakan teknis di bidang karantina hewan;
b. Pelaksanaan kebijakan teknis di bidang karantina hewan;
c. Pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan di bidang karantina hewan; dan
d. Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Kepala Badan Karantina Indonesia.
Deputi Bidang Karantina Hewan terdiri atas:
a. Direktorat Standar Karantina Hewan;
b. Direktorat Manajemen Risiko Karantina Hewan; dan
c. Direktorat Tindakan Karantina Hewan.